ゲノム情報科学研究教育機構
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平成17年度 (2005年4月〜2006年3月)  - 科目シラバス -

 バイオスタティスティクス特論

 本コースでは、生命情報を統計的に解析するための主要な手法を講義する。
講義の前半では、生命情報の統計解析に必要な基礎知識に当たる分を主に講義し(バイオスタティスティクス概論、分類・判別、情報量基準)、後半では、それらを基礎に、生命情報特有の問題に関する統計解析手法を主に講義する(ブートストラップ、マルコフモデル、質的データ解析、QTL解析)。
 統計学は、経験主義的な英国で発展した。講義に際しては、ただ講義内容を理解するだけの受動的な態度でなく、自ら各統計手法を適用して学習する能動的な態度を期待する。


 アルゴリズム特論

 バイオインフォマティクスの研究を展開するには情報科学の基礎理論であるアルゴリズムの理論についてきちんと理解しておくことが重要である。
 本講義では、バイオインフォマティクスと関連の深い事項を中心にアルゴリズムの基礎理論について説明するとともに、バイオインフォマティクスにおいて用いられている基本的なアルゴリズムについて説明する。


 ネットワーク解析特論




 ゲノムデータ解析特論

 ゲノムデータが持つ生物学的情報をいかにして引き出すかについて講義を行う。イントロダクションとして、ゲノムにはどのような生物学的情報が書かれているのか、および配列情報解析の現状などについて講義する(中井)。具体的な解析として、遺伝子発見、選択的スプライシングの予測、プロモーター領域の予測などの例について講義する(矢田)。ゲノムの解析には、ゲノムの構造変化すなわちゲノム進化に関する知識が必須であり、最近の知見を紹介する(市原)。ゲノムの進化と生物の形態進化の関係については、Hox などの形態形成遺伝子群の研究をメインに解説する(大安)。また、生物の進化情報を解析するための手法である、分子進化学的解析法もゲノム解析において重要である。一次配列(核酸・アミノ酸)における基礎的な手法について講義した後(隈)、応用的な方法としてアミノ酸配列や立体構造の情報から、タンパク質の生化学的レベルでの機能などを進化の観点から推測する手法を紹介する(藤)。(敬称略)

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 システム生物学特論



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 バイオインフォマティクス実習

 バイオインフォマティクスの研究においては、データベースはデータ源であり、検証対象であり、参照知識でもある。従って、目的に適したデータリソースの選択、正しい解釈が、研究の成否を左右すると言ってもよいだろう。
 データリソース実習では、初学者を対象に、種々のデータベースとそのデータの内容について紹介し、実際のデータの入手、取り扱いについて パソコンを操作しながら習得することを目標としている。
 また、テーマを絞った専門的な実習も予定している。

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 プログラミング実習

 バイオインフォマティクスの研究において、大規模データの取り扱いから解析アルゴリズムの実装まで、プログラミングは欠かせないものとなっている。
 プログラミング実習では、世界中で広く使われているスクリプト言語 Perl、国産のオブジェクト指向言語 Ruby、高速なプログラムの記述に 使用されるC言語をとりあげ、それぞれの特徴を解説する。
 プログラミングの習得にはある程度の時間が必要であるが、本実習では実際に手を動かしてプログラムを作成することで、プログラミング言語の違いや操作方法に慣れることによって、目的に応じた簡単なプログラムが書けるようになることを目標としている。

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 テクニカルライティング演習



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