本センターでは国際共同研究を積極的に推進しており、以下の共同研究が進められてきました。

• 日本学術振興会二国間交流事業（スウェーデンVINNOVAとの共同研究）（2010年-2011年）
  アテローム性動脈硬化症を理解するためのシステム生物学的アプローチ
  日本側研究代表者：五斗進、スウェーデン側研究代表者：Jesper Haeggstrom

• 日本学術振興会二国間交流事業（フランスINSERMとの共同研究）（2009年-2010年）
  癌のバイオインフォマティクスにおけるアルゴリズムとデータベースの開発
  日本側研究代表者：五斗進、フランス側研究代表者：Jean-Philippe Vert

• 日本学術振興会二国間交流事業（中国との共同研究）（2007年-2009年）
  3次構造とハイスループットデータによるタンパク質の注釈と機能予測
  日本側研究分担者：阿久津達也（代表者は陳洛南大阪産業大学教授）

• 科学技術振興機構戦略的国際科学技術協力推進事業（スウェーデンとの共同研究）（2005年-2006年）
  マラリア原虫 Plasmodium falciparum ゲノムの解析
  日本側研究代表者：五斗進、スウェーデン側研究代表者：Mats Wahlgren

• 日本学術振興会二国間交流事業（SAKURAプロジェクト）（2003年-2006年）
  統計的手法と離散的手法の組み合わせによる生物情報ネットワーク解析法
  日本側研究代表者：阿久津達也、フランス側研究代表者：Jean-Philippe Vert

2003年より米国のボストン大学およびドイツのフンボルト大学との国際連携プログラムで大学院に3ヶ月間の海外インターンシップを経験させ、学生発表を中心としたIBSB国際ワークショップを共同開催しています。また、2009年度より日本学術振興会の若手研究者インターナショナル・トレーニングプログラムに採用され、米国、ドイツに加え、フランス、スウェーデンとの連携教育を実施していました。

多くの日本学術振興会外国人特別研究員も受け入れており、2004年度以降、オーストラリアから3名、米国、スウェーデン、スペインから各2名、英国、カナダ、中国、ベトナムから各1名を受け入れています。