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学術論文（査読有り）

1. A Variational Bayesian Framework for Clustering with Multiple Graphs
   Motoki Shiga, Hiroshi Mamitsuka
   IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering, (to appear, 2011). [Link]
   
2. A Spectral Approach to Clustering Numerical Vectors as Nodes in a Network
   Motoki Shiga, Ichigaku Takigawa, Hiroshi Mamitsuka
   Pattern Recognition, Vol.44, issue 2, pp.236-251, 2011. [Link]
   
3. On the Performance of Methods for Finding a Switching Mechanism in Gene Expression
   Mitsunori Kayano, Ichigaku Takigawa, Motoki Shiga, Koji Tsuda, Hiroshi Mamitsuka
   Genome Informatics, Vol.24, pp.69-83, 2010. [Link]
   (Proceedings of the 10th Annual International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology (IBSB2010))
4. Efficiently Finding Genome-wide Three-way Gene Interactions from Transcript- and Genotype-Data
   Mitsunori Kayano, Ichigaku Takigawa, Motoki Shiga, Koji Tsuda, Hiroshi Mamitsuka
   Bioinformatics, Vol.25, pp.2735-2743, 2009. [PubMed]
   
5. Annotating Gene Functions with Integrative Spectral Clustering on Microarray Expressions and Sequences
   Limin Li, Motoki Shiga, Wai-ki Ching, Hiroshi Mamitsuka
   Genome Informatics, Vol.22, pp.95-120, 2009. [Link]
   (Proceedings of the 9th Annual International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology (IBSB2009))
6. Upper Bound for Variational Free Energy of Bayesian Networks
   Kazuho Watanabe, Motoki Shiga, Sumio Watanabe
   Machine Learning, Vol.75, issue 2, pp.199-215, 2009. [Link]
   
7. 多様なゲノムデータの統合的クラスタリング解析
   志賀元紀, 瀧川一学, 馬見塚拓,
   生物物理, 理論/実験 技術, Vol.48, pp.190-194, 2008. [Link]
   
8. Mining Significant Tree Patterns in Carbohydrate Sugar Chains
   Kosuke Hashimoto, Ichigaku Takigawa, Motoki Shiga, Minoru Kanehisa, Hiroshi Mamitsuka
   Bioinformatics, Vol.24, i167-i173, 2008. [PubMed]
   (Proceedings of the 7th European Conference on Computational Biology (ECCB2008))
   
9. Annotating Gene Function by Combining Expression Data with a Modular Gene Network
   Motoki Shiga, Ichigaku Takigawa, Hiroshi Mamitsuka
   Bioinformatics, Vol.23, i468-i478, 2007. [PubMed]
   (Proceedings of the 15th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology & 6th European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB2007))
   
10. 推定を独立な標本から繰り返す場合に最適なエントロピー推定量
    志賀 元紀, 横田康成,
    電気学会論文誌部門誌C 研究開発レター, Vol.125-C, No.12, pp.1912-1913, 2005.
    
11. バイアス誤差の2乗平均を任意の値に制約する条件下で平均2乗誤差を最小化するエントロピー推定量
    志賀 元紀, 横田康成,
    電子情報通信学会論文誌A, Vol.J88-A, No.4, pp.519-527, 2005
    
12. Effect of Time Division on Estimation Accuracy in Frequency Domain ICA
    Yasunari Yokota, Hideaki Iwata, Motoki Shiga
    IEICE Trans., Vol.E87-A, No.12, pp.3424-3428, 2004.
    
13. 平均2乗誤差を改善するエントロピー推定量
    横田 康成, 志賀 元紀,
    電子情報通信学会論文誌, Vol.J86-A, No.9, pp.936-944, 2003.
    
    

国際会議・ワークショップ（査読有り）

1. Variational Bayes Learning over Multiple Graphs
   Motoki Shiga, and Hiroshi Mamitsuka
   Proceedings of the IEEE International Workshop on Machine Learning for Signal Processing 2010(MLSP2010),
   pp. 166-171, Kittila, Finland, August 2010. (採択率30% (=36/122))
2. On the Performance of Methods for Finding a Switching Mechanism in Gene Expression
   Mitsunori Kayano, Ichigaku Takigawa, Motoki Shiga, Koji Tsuda, Hiroshi Mamitsuka
   Proceedings of the 10th Annual International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology (IBSB2010),
   Kyoto, Japan, July 2010. (Genome Informatics, Vol.24, pp.69-83, 2010. [Link])
3. Annotating Gene Functions with Integrative Spectral Clustering on Microarray Expressions and Sequences
   Limin Li, Motoki Shiga, Wai-ki Ching, Hiroshi Mamitsuka
   Proceedings of the 9th Annual International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology (IBSB2009),
   Boston, MA, USA, July 2009. (Genome Informatics, Vol.22, pp.95-120, 2009. [Link])
4. Mining Significant Tree Patterns in Carbohydrate Sugar Chains
   Kosuke Hashimoto, Ichigaku Takigawa, Motoki Shiga, Minoru Kanehisa, Hiroshi Mamitsuka
   Proceedings of the 7th European Conference on Computational Biology (ECCB2008)
   Sardinia, Italy, September 2008. (Bioinformatics, Vol. 24, i167-i173, 2008 [PubMed])(採択率19% (=36/186) )
   
5. A Spectral Clustering Approach to Optimally Combining Numerical Vectors with a Modular Network
   Motoki Shiga, Ichigaku Takigawa, Hiroshi Mamitsuka
   Proceedings of the 13th ACM SIGKDD International Conference on Knowledge Discovery and Data Mining (KDD2007),
   pp.647-656, San Jose, CA, USA, August 2007.[ACM] (採択率19% (=111/573)) [発表スライド], [発表ポスター]
   
6. Annotating Gene Function by Combining Expression Data with a Modular Gene Network
   Motoki Shiga, Ichigaku Takigawa, Hiroshi Mamitsuka
   Proceedings of the 15th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology & 6th European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB2007)),
   Wien, Austria, July 2007. (Bioinformatics, Vol.23, i468-i478, 2007 [PubMed]) (採択率15% (=66/418)) [発表スライド]
   
7. Upper Bounds for Variational Stochastic Complexities of Bayesian Networks
   Kazuho Watanabe, Motoki Shiga, Sumio Watanabe
   Proceedings of the 7th International Conference on Intelligent Data Engineering and Automated Learning (IDEAL2006),
   Burgos, Spain, September 2006. (Lecture Notes in Computer Science (LNCS), vol. 4424, pp.139-146, 2006)
   
8. An Optimal Entropy Estimator for Discrete Random Variables
   Motoki Shiga, Yasunari Yokota
   Proceedings of the 18th International Joint Conference on Neural Networks, pp.1280-1285, Montreal, Canada, July 2005.
   本発表に関する旅費を井上科学振興財団より補助していただきました。
   
9. Error Analysis of Entropy Estimator for A Memory-less Information Source
   Motoki Shiga, Yasunari Yokota
   Proceedings of the International Workshop on Nonlinear Signal and Image Processing 2005 (NSIP2005), pp.99-104, Sapporo, Japan, May 2005.

書籍

1. 脳神経システム解析のための数理アルゴリズム
   横田康成，志賀元紀 （分担執筆, 7.3節（pp.266-277））
   「ニューロインフォマティクス」（甘利俊一 監修，臼井支朗 編）, オーム社, 2006. 出版社のページ

• 離散情報源に対するエントロピーの推定精度に関する研究
  岐阜大学工学研究科電子情報システム工学専攻　博士論文，March，2006．
  
• 平均2乗誤差を改善するエントロピー推定量
  岐阜大学工学研究科応用情報学専攻　修士論文，March，2003．
  
• 降水量と降雨粒子量分布の平均相互情報量最大化に基づく降水量予測
  岐阜大学工学部応用情報学科　学士論文，March，2001．

学会発表 （査読なし）（*は発表者）

1. Gene Clustering with Multiple Networks by Variational Bayes Learning
   *Motoki Shiga, Hiroshi Mamitsuka
   The 2010 Annual Conference of Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2010) (Poster P011), Fukuoka, 13-15 December, 2010.
   
2. Integration of High-throughput Data for Deciphering Histone Code and Predicting Function of Essential Acetyltransferase
   *Yayoi Natsume-Kitatani, Motoki Shiga, Hiroshi Mamitsuka
   The 2010 Annual Conference of Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2010) (Poster P017), Fukuoka, 13-15 December, 2010.
   
3. Finding Three-way Gene Interactions from Transcript and Genotype Data
   *Mitsunori Kayano, Ichigaku Takigawa, Motoki Shiga, Koji Tsuda Hiroshi Mamitsuka
   The 2010 Annual Conference of Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2010) (Poster P069), Fukuoka, 13-15 December, 2010.
   
4. 変分ベイズ学習に基づく複数ネットワークのクラスタリング
   *志賀元紀, 馬見塚拓
   第13回情報論的学習理論ワークショップ (IBIS2010) (ディスカッショントラック・Poster P4-32), 東京大学駒場キャンパス, 東京, 11月4日-6日, 2010.
   
5. Annotating Gene Functions by Spectral Clustering for Combining Gene Expressions and Sequences
   Limin Li, *Motoki Shiga, Wai-Ki Ching, Hiroshi Mamitsuka
   The 20th International Conference on Genome Informatics (GIW) (Poster P042), Yokohama, Japan, 14-16 Dec, 2009.
   
6. Analyzing Histone Codes by a Computational Approach
   *Yayoi Natsume-Kitatani, Motoki Shiga, Hiroshi Mamitsuka
   The 20th International Conference on Genome Informatics (GIW) (Poster P044), Yokohama, Japan, 14-16 Dec, 2009.
   
7. Genome-Wide Three-Way Gene Interactions from Transcript and Genotype Data
   *Mitsunori Kayano, Ichigaku Takigawa, Motoki Shiga, Koji Tsuda, Hiroshi Mamitsuka
   The 20th International Conference on Genome Informatics (GIW) (Poster P045), Yokohama, Japan, 14-16 Dec, 2009.
   
8. Mining Patterns from Glycan Structures
   Ichigaku Takigawa, Khosuke Hashimoto, Motoki Shiga, Minoru Kanehisa, *Hiroshi Mamitsuka
   Proceedings of the International Beilstein Symposium on Glyco-Bioinformatics (Glyco-Bioinformatics2009), (Invited Talk), Potsdam, Germany, 4-8 October, 2009. [Link]
   
9. Association of SNPs with Multiple Genes Using a Nonlinear Regression Model
   *Mitsunori Kayano, Ichigaku Takigawa, Motoki Shiga, Koji Tsuda, Hiroshi Mamitsuka
   The 2008 Annual Conference of Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2008) (Poster P049), Osaka, 15-16 December, 2008.
   
10. Efficiently Finding Significant Substructural Patterns Conserved in Glycans
    *Ichigaku Takigawa, Khosuke Hashimoto, Motoki Shiga, Minoru Kanehisa, Hiroshi Mamitsuka
    The 2008 Annual Conference of Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2008) (Poster P066/ Talk T05), Osaka, 15-16 December, 2008.
    
11. A New Method for Clustering Genes by Optimally Combining Expression Data with a Modular Gene Network
    *Motoki Shiga, Ichigaku Takigawa, Hiroshi Mamitsuka
    The 2007 Annual Conference of Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2007) (Poster P037), Tokyo, 17-19 December, 2007.
    
12. Modular Sub-graph Partitioning with Decision Trees
    *Timothy Hancock, Motoki Shiga, Hiroshi Mamitsuka, Danny Coomans
    The 2007 Annual Conference of Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2007) (Poster P109), Tokyo, 17-19 December, 2007.
    
13. A Gene Clustering Method Using Gene Expression Data and Gene Networks
    *Motoki Shiga, Ichigaku Takigawa, Hiroshi Mamitsuka
    The 17th International Conference on Genome Informatics (GIW2006) (Poster P022), Yokohama, 18-20 December, 2006.
    
14. バイアス誤差と平均2乗誤差のトレードオフを制御できるエントロピー推定量
    志賀 元紀，横田 康成
    計測自動制御学会, 第19回生体・生理工学シンポジウム論文集，pp.125-126，November，2004．
15. バイアス誤差と平均2乗誤差のトレードオフ関係を制御可能なエントロピー推定量
    志賀 元紀，横田 康成
    平成16年度電気関係学会東海支部連合大会CD-ROM（ポスター発表 番号P-157），September，2004．
    電気関係学会連合大会奨励賞　に選ばれました。
16. 手ぶれ動画像を利用した静止画像の解像度復元
    植村 浩平，横田 康成，志賀 元紀
    平成16年度電気関係学会東海支部連合大会CD-ROM（オーラル 番号O-451），September，2004．
    
17. q-正規分布を代用関数に用いた独立成分解析
    志賀 元紀，横田 康成
    平成14年度電気関係学会東海支部連合大会講演論文集，pp.194，September，2002．
18. 平均2乗誤差を改善するエントロピー推定量
    志賀 元紀，横田 康成
    計測自動制御学会, 第17回生体・生理工学シンポジウム論文集, pp.151-152，September，2002．
19. 降水量と降雨粒子量の平均相互情報量最大化に基づく降水量推定
    志賀元紀，横田康成
    2001年電子情報通信学会総合大会講演論文集，情報・システム１，pp.266-267，March, 2001．

1. 複数のネットワーク情報に基づく遺伝子クラスタリング
   京都大学 化学研究所 第110回研究発表会, December 10, 2010.
   
2. Clustering by Combining Numerical Vectors and Network Information
   IBM T. J. Watson Research Center (Host: Dr. Naoki Abe), Yorktown Heights, NY, USA, August 20, 2009
   
3. Gene Clustering Integrating mRNA Expression Profiles and a Gene Network
   Boston College (Host: Professor Peter Clote and Dr. Andy Lorenz), Boston, MA, USA, July 23, 2009
   
4. 多様なゲノムデータを統合できるクラスタリング解析
   九州大学 システム生命科学府 第五回バイオインフォマティクス学会九州支部講演会,
   第五回グローバルCOE技術習得コース「バイオインフォマティクスの最近のトピックス」, 招待講演, February 27, 2009
   
5. 遺伝子モジュラーネットワークと発現データを最適に組み合わせる新しい遺伝子クラスタリング法
   京都大学 化学研究所 第107回研究発表会, December 7, 2007.
   
6. Annotating Gene Function by Combining Expression Data with a Modular Gene Network
   Departmental Colloquia, Max Planck Institute for Biological Cybernetics,T"ubingen, Germany, July 19, 2007.
   

1. 科学研究費補助金 若手研究 (B),
   生物ネットワーク構造に基づく統合的データマイニング手法の構築,
   平成20-21年度　（代表者）
2. 科学技術振興機構(JST)　バイオインフォマティクス推進センター(BIRD),
   創造的な生物・情報知識融合型の研究開発,
   生命科学上の非構造化データの統合マイニング,
   平成19年10月-平成22年9月 （分担者,（代表：馬見塚拓 教授））
3. 井上科学振興財団,
   国際研究集会への出席旅費,
   平成17年度 （代表者, IJCNN2005への旅費補助）

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