1. 先端研究領域の設定、情報系と実験系の共同研究推進
環境ゲノミクス − ゲノム情報と化学情報の関連解析
二次代謝と天然物の知識に基づく創薬
ケモゲノミクス − 化学情報の系統的解析
リード化合物探索
薬理ゲノミクス − ゲノム情報の系統的解析
創薬ターゲット探索とテーラメイド医療
2. 若手研究者の育成、異分野からの参入促進
COEユニットの設置、特任助教授、特任助手、ポスドクの採用
3. 知識ベースの構築と提供
細胞レベルのKEGGを個体レベル、生態系レベルに拡張
4. 国際研究教育拠点の形成